Но преди тях е създадена така наречената „РЕФОРМАЦИОННА”, известна като ПЕТА СИМФОНИЯ. Работата върху нея започва по време на гастролите на Менделсон в Англия и Шотландия през 1829, в навечерието на предстоящото честване на 300-годишнината на Реформацията – утвърждаването на протестантството в Германия с представянето на „Аугсбургската конфесия” на Мартин Лутер пред императора Карл V на 25 юни 1530. По това време младият 20-годишен композитор е вече автор на „Сън в лятна нощ” и на четиринадесет симфонии, от които само последната определя като Първа симфония (предишните тринадесет за струнен оркестър смятал за несъвършенни опити). Новата „Реформационна” симфония била завършена в Мюнхен през 1830 и Менделсон замислял да я представи по време на престоя си в Париж. Но тази премиера не се осъществила поради пълното неудобрение на оркестрантите, които казали, че в творбата има „твърде малко мелодии и твърде много фугато”. Това много огорчило Менделсон и той считал творбата за неуспешна. Симфонията все пак прозвучала на 15 ноември 1832 в Берлин, за първи и единствен път под диригентството на автора, но била публикувана чак през 1868, 21 години след смъртта му. Поради това е номерирана като последна, Пета негова симфония, макар, че е създадена преди Втората симфония-кантата „Хвалебствена песен”, Трета „Шотландска” и Четвърта „Италианска” симфонии.

Всъщност „Реформационната” носи скрита програмност, която е загатната с някои емблематични интонации, вплетени в музикалната тъкан. В първата част прозвучава т. н. „Dresden Amen“ – химн от традиционната саксонска литургия (цитиран по-късно и в творби на Вагнер, Брукнер, Малер и др.). А в бавното встъпление на финала е полифонично разгърнат един от най-известните протестантски хорали – прочутият хорал на Мартин Лутер „Ein feste Burg ist unser Gott” („Здрава крепост е нашият Бог”), с чието тържествено прозвучаване симфонията завършва.