След завръщането си от Прага през 1787 г. Моцарт започва работа над нова опера – „Дон Жуан”, предложе- на му от Лоренцо да Понте. През същата година умира баща му Леополд без да доживее назначаването на Волфганг на длъжността „камер-музикус” от император Йозеф ІІ. В този период вече са създадени редица знакови произведения като „Сватбата на Фигаро”, клавирни сонати и триа и струнните квинтети КV 515 и 516 – връх в творчеството му.

Премиерата на „Дон Жуан” е на 29 октомври 1787 в оперния театър в Прага. Моцарт определя творбата като комична опера, но тя предполага и драматична интерпретация. Неслучайно либретистът я нарича весела драма, заради трагичните и карикатурни страни в образите. Легендата за дон Жуан тръгва от средновековна Испания, от пиесата на Тирсо ди Молина през 1630 г., минава през литературата на много европейски страни, в това число на Голдони и Молиер, по-късно се пресъздава от Байрон, Хофман, Пушкин, Мериме. Не липсват и музикални интерпретации – през 1761 г. Глук показва своя балет „Дон Жуан”. Всички автори се ползват от свободата да променят имената и в детайли действията на героите си.

Увертюрата, според легендите около моцартовата личност, е завършена в навечерието на премиерата, но същественото е, че тя, наред с увертюрите към „Сватбата на Фигаро” и „Вълшебната флейта”, отваря нова енциклопедична страница в историята на жанра на оперната увертюра.

През 1789 г. Моцарт прави последното си голямо пътешествие по покана на Фридрих Вилхелм ІІ, изнася концерти в Прага, Дрезден, Потсдам, Лайпциг, Берлин. По същото време здравето на съпругата му Кон- станца се влошава и тя заминава на лечение в Баден. Не е добро и материалното положение на семейство- то – писмата на Моцарт до неговия брат-масон Михаел Пухберг с молби за съдействие са твърде чести. През 1790 г. с възкачването на Леополд ІІ на престола музикалният живот е лишен от „кралско благоволение”. Даже планираното  представяне на „Дон Жуан” през октомври се отменя. По време на коронацията на Леополд ІІ във Франкфурт Моцарт отново не е сред поканените, но въпреки това той заминава и успява даже да си осигури концертно участие.