Когато Глук умира през ноември 1787 постът му на придворен композитор на австрийския император Йозеф ІІ заема през 1788 ВОЛФГАНГ АМАДЕУС МОЦАРТ. Отношението към двамата композитори от страна на дворцовата управа се изразявало най-драстично  в заплатата: докато Глук получавал годишно две хиляди флорина, на Моцарт му били предложени само осемстотин. Дори и при тази сума той приема поста поради сложното си финансово положение. По-късно коментира заплатата си като: „твърде голяма за създаденото и твърде малка за това, което би могъл да напише”.

Благодарение на светските вечери, процъфтява жанрът на инструменталната музика, но най-голям интерес предизвиква симфонията. Несъмнено върху стила на този жанр отражение оказват пътуванията, мястото на пребиваване, непосредствените впечатления, поръчителите, изпълнителският състав. Именно това има предвид Моцарт като премахва менуета в някои от Залцбургските си симфонии, съобразявайки се с вкуса на тази публика.

Своя роля за широкия интерес към инструменталната музика изиграва и прословутият Манхаймски оркестър.

„Оркестърът е много добър и силен; от всяка страна по 10-11 цигулки, 4 виоли, 2 обоя, 2 флейти и 2 кларинета, 2 валдхорни, 4 виолончели, 4 фагота, 4 контрабаса, тромпети и тимпани” – съобщава Моцарт за него.

През лятото на 1788 композиторът написва финалните три симфонии. Влошеното здраве на съпругата му Констанца по това време се отразява на материалното състояние на семейството. Зачестяват писмата на Моцарт до неговия брат-масон Михаел Пухберг, на когото твърде много разчита в моментите на финансови затруднения. Ден преди едно от поредните писма, през юни 1788 Моцарт завършва 39-та си симфония и след по-малко от два месеца – на 10 август написва и последната си симфония №41 „Юпитер”. Диригентът Николаус Харнонкур интерпретира трите симфонии като единна творба, така именно замислена от Моцарт, аргументирайки се с редица факти, един от които е, че Симфония №41, като последна от трите, няма встъпление,  каквото има Симфония №39, но пък има голям финал. Лондонското музикално издателство „J. B. Cramer” в действителност е отговорно за названието на симфонията, давайки го заради „величието на идеите и мащабната им трактовка”. Заслуга за названието се приписва на импресариото Йохан Петер Саломон, другаде тя се оспорва.

Всяка част от симфонията е шедьовър. Основната тема на първата част е образец за мотивен контраст. Втората част, също в сонатна форма, е сарабанда. Третата част е в стил австрийски лендлер. Финалът е христоматиен пример за четиритемно фугато в кодата на сонатната форма.

Въз основа на финала П. И. Чайковски нарича симфонията „едно от чудесата на симфоничната музика“. В статия за симфонията Сър Джордж Гроув пише, че във финала Моцарт е запазил цялата си мощ, която очевидно никой не е притежавал. Според него симфонията е „най-великото оркестрово произведение на света, предхождащо Френската революция“. Фугата е предизвикателство за музикалните изследователи, които твърдят, че тя почива на опита и практиката на предшествениците. Моцарт е изучавал Симфония №28 в До мажор от Михаел Хайдн, брат на Йозеф Хайдн, чийто финал с фуга в кодата е твърде сходен с моцартовия. В писма до баща си Моцарт е искал да му бъде изпратена „най-новата фуга на Хайдн“. Четиритонов мотив е също главна тема на контрапунктичен финал в Симфония №13 на Михаел Хайдн от 1764. Членове на Хайдновото общество откриват ръкописа на тази симфония на Хайдн, по повод на която Х. Робинс Ландън отбелязва, че първата тема от последната част е идентична с темата на Моцартовия финал и веднага кръщава тази Хайднова симфония подобно на моцартовата симфония – „Юпитер”.

Четиритоновият мотив се проследява назад във времето до ХVІ век и се открива и при Жоскен де Пре в Месата Pange lingua. Открива се и в други опуси на Моцарт: в Credo от Missa Brevis във Фа мажор; в първата част и в триото на Менуета на Симфония №33.

Има сведения, че премиера на „Юпитер“ заедно с предходните две симфонии, е била подготвяна приживе от Моцарт, той дори изпраща два билета на приятеля си Михаел Пухберг, но концертът бил отменен поради липса на интерес.