СЕБАСТИАН КНАУЕР има над 30-годишна кариера, започнала с концертния му дебют на 14-години в родния му град Хамбург. Свирил е в повече от 50 държави на четири континента, в залите на Берлинската филхармония, Гевандхаус – Лайпциг, Концергебау в Амстердам, Лондонската Уигмор хол, Театър Шанз-Елизе в Париж, Тонхале в Цюрих, Виенската Концертхаус, Линкълн център – Ню Йорк, Театър Харис в Чикаго, Националния център за сценични изкуства – Пекин и зала Топан в Токио. Редовен гост е на фестивалите в Шлезвиг-Холщайн, Мекленбург-Западна Померания и Рейнгау, Дрезден, Рур, Бетовеновия фестивал в Бон, Шубертиадата в Хоенемс, фестивалите в Залцбург, Гщаад, Монтрьо, Мерано, Бат, Равиния, Савана, Шанхай.
Има издадените 15 CD, оценени със суперлативи от критиката. За Berlin Classics, Warner Classics, Deutsche Grammophon и Naxos е записвал творби на Моцарт, Хайдн, Бетовен, Менделсон, Шуберт, Гершуин, Барбър, Бърнстейн и Копланд. Съвместният му проект с Даниел Хоуп „Изтокът среща Запада“ печели наградата Echo Klassik за 2005 и номинация за „Грами“. Концертът за пиано „This is (not) Beethoven – Variations for Piano & Orchestra“ от композитора Араш Сафаян, издаден от BMG/Modern Recordings през 2020, веднага влиза в немските класации Classic Charts (№ 6) и в американските класации Billboard Charts (№ 15).
Себастиан Кнауер е свирил всички 27 клавирни концерти на Моцарт с Хамбургската филхармония и всички концерти на Хайдн с Бамбергските симфоници, като сам е ръководел оркестрите от пианото. Концертирал е с Щаатскапеле Дрезден, Северногерманския радиосимфоничен оркестър, оркестрите на Концертхаус Берлин, Борнмът, Нюйоркската опера, филхармониите в Цюрих и Шанхай, Камерните оркестри на Париж, Виена, Сан Франциско, Камерата Залцбург и др., под диригентството на Фабио Луизи, Томас Хенгелброк, Нееме Ярви, Владимир Федосеев, Инго Метцмахер, Филип Антремон, Джон Акселрод, Симон Йънг, Михаел Зандерлинг, Александър Шели, Маркус Пошнер и Яап ван Цведен.
Почитател на камерната музика, той участва в многобройни проекти с изтъкнати музиканти като струнния квартет Emerson, квартета на Берлинската филхармония, Рено Капюсон, Сабине Майер, Албрехт Майер, виолончелистите Сол Габета, Ян Фоглер и Албан Герхард, певиците Ан Софи фон Отер, Симоне Кермес, Кристиан Карг, Мойка Ердман, Майкъл Шейд и Херман Прай, хореографа Джон Ноймайер, барабаниста Стюарт Копланд и Джейсън Марсалис. През 2016 става съосновател на проекта Hamburger Pianosommer, в който комбинира четири различни жанра в един концерт с пианистите Мартин Тингвал, Аксел Цвингенбергер и Йоя Вендт и тази уникална идея получава огромна популярност.
Себастиан Кнауер се ангажира и с редица благотворителни инициативи, като организирания с в-к „Хамбургер Абендблат“ в голямата зала на новата „Елбфилхармония“ в Хамбург на 13 юли 2017 специален концерт, наречен Respekt, за 1000 полицаи и техните сътрудници в знак на признание за справянето със сериозните сблъсъци по време на срещата на върха на Г-20 в родния му град.
От 2001 той организира поредица програми „Wort trifft Musik“ („Словото среща музиката“), посветени на конкретен композитор. Себастиан Кнауер лично съставя текстовете, описващи живота на композитора, които след това се рецитират на сцената от актьори. Той започва тази поредица с Ханелоре Елснер и заедно изпълняват няколкостотин представления до смъртта й през 2019. Днес редовно работи с актьорите Мартина Гедек, Ирис Бербен, Катя Риман, Клаус Мария Брандауер и Улрих Тукур.
През 2012 Себастиан Кнауер основава собствен фестивал „mozart@augsburg“ и е негов художествен ръководител. На фестивала са участвали артисти като Филип Антремон, Марис Янсонс, сър Роджър Норингтън, Менахем Преслер, Андрас Шиф, Аркади Володос, Мартин Щатфелд, Ларс Фогт, Даниел Хоуп, Кристиан Тецлаф, Емануел Пахуд, Ян Воглер, Ханелоре Елснер, Клаус Мария Брандауер, квартетите „Емерсън“, „Артемида“, „Хаген“, Симфоничните оркестри на Баварското радио и на град Бамберг, камерните оркестри на Цюрих, Виена и Париж. През 2017 той поема художественото ръководство и на Международния музикален фестивал в замъка Бад Берлебург, а през 2021 ще инициира още един фестивал в град Аахен под името „Ludwig FUN Beethoven“.